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Antwort: Lösung
Das Problem wurde von seiner lokalen Replik verursacht. Vermutlich wurden die auf dem Server getätigten Löschvorgänge nicht mit repliziert. Diese Einstellung kann man prüfen, indem man die Stapelung der Repliksymbole aufhebt („Ansicht/Repliksymbole stapeln“ (Haken raus)) und anschließend die severbasierte Replik mit der rechten Maustaste anklickt und unter „Replizierung/Optionen für diese Anwendung…/Senden“ prüft ob der Haken bei „In dieser Replik ausgeführte Löschvorgänge an andere Repliken senden“ gesetzt ist.
Hintergrund: Das Setzen dieses Hakens für die serverbasierte Replik hat zum Ergebnis, dass jede Löschung auf dem Server auch auf die lokale Replik übertragen wird. Gelöschte Elemente werden also auch in der Replik gelöscht. Ist der Haken hingegen nicht gesetzt, löscht man die Elemente zwar auf dem Server, doch in der Replik sind sie nachwievor vorhanden.
Führt man diese (lokale) nun auf einem anderen Rechner aus, wird sie auf den Server zurückrepliziert und damit natürlich auch alle (lokalen) Elemente !

Vorsicht ! Hat man den Haken für die Löschung gesetzt (auf der lokalen Replik), führt diese auf einem neuen Rechner aus und hat zuvor alle Nachrichten darin gelöscht, wird die Löschung auch auf den Server übertragen was zur Folge hat, dass auch dort nach der Replizierung alle Nachrichten gelöscht werden !